Le microbiome en tant que marqueur de pronostic dans la mucoviscidose
Chez les patients atteints de mucoviscidose, les infections pulmonaires sont provoquées par des populations complexes de différents germes. En règle générale, on observe une faible diversité de germes - dominée par les mucobactéries classiques - chez un patient dont l'état s'aggrave. Dans la présente étude, les auteurs cherchent à savoir si le microbiome permet de prédire le pronostic.
À cette fin, ils ont examiné rétrospectivement les échantillons d'expectorations de 104 sujets (18-22 ans) à la lumière de facteurs associés à une affection pulmonaire en phase terminale précoce (eESLD ; mortalité/transplantation < 25 ans) et à une dégradation rapide de la fonction pulmonaire (> -3 %/an ESW au cours des 5 années qui suivent).
Au total, 17 sujets ont présenté une progression vers une eESLD ; leurs expectorations étaient caractérisées par une faible diversité alpha et par une dominance de pathogènes spécifiques, notamment Pseudomonas. En revanche, la présence excessive de Streptococcus s'est avérée jouer un rôle protecteur. Les germes étaient agglutinés depuis le stade initial de la maladie jusqu'au stade terminal. Dans l'analyse multivariée, la fonction pulmonaire de référence et la diversité alpha étaient des facteurs prédictifs indépendants de l'eESLD.
En s'appuyant sur la définition absolue et relative de la détérioration de la fonction pulmonaire, respectivement 58 et 47 patients atteints de mucoviscidose ont pu être considérés comme connaissant une progression rapide. Après correction pour la fonction pulmonaire de référence, il a été établi qu'une faible diversité alpha était plus souvent associée à une détérioration rapide de la fonction pulmonaire au cours des 5 années suivantes.
En résumé, dans la mucoviscidose, la diversité du microbiome peut servir de nouveau marqueur dans la mesure où elle est prédictive de la progression vers une affection pulmonaire en phase terminale précoce et d'une détérioration disproportionnée de la fonction pulmonaire.
Acosta N et al. Sputum microbiota is predictive of long-term clinical outcomes in young adults with cystic fibrosis. Thorax 2018. Published Online First: 22 August. doi: 10.1136/thoraxjnl-2018-211510 https://thorax.bmj.com/content/early/2018/08/29/thoraxjnl-2018-211510.citation-tools