Nextstrain, le logiciel qui trace le coronavirus en temps réel

APP Alors que de plus en plus de pays annoncent des mesures de confinement pour tenter d'enrayer la progression du coronavirus, voilà un outil plus que bienvenu pour améliorer la compréhension épidémiologique et aider les dirigeants et les organisations sanitaires à mieux proportionner les mesures qu'ils prennent ou qu'ils seront amenés à prendre.

19 mars 2020

L'outil d'analyse en question, c'est le projet Nextstrain, comme le révèle l'IEEE Spectrum, un magazine anglophone édité par l'Institut des ingénieurs en électricité et électronique (Institute of Electrical and Electronics Engineers IEEE).

Mené par des scientifiques, ce projet, qui mêle informatique et données de santé, utilise le séquençage génétique et un logiciel en open source pour suivre en temps réel les mouvements et la transmission des agents pathogènes, en l'occurrence du nouveau coronavirus. Il permet d'obtenir une cartographie, mise à jour en continu, de la propagation d'une maladie.

Identifier l'origine

Pour parvenir à tracer un virus, le logiciel procède à une analyse des mutations de son génome sachant qu'au cours d'une épidémie le code génétique d'un virus subit des mutations au fur et à mesure qu'il se déplace dans le monde.

Nextstrain compare les codes génétiques d'échantillons viraux prélevés à l'échelle mondiale et construit un arbre généalogique des souches du virus.

Dans le cas du coronavirus à l'origine de la maladie respiratoire Covid-19, les scientifiques savent que le virus est apparu pour la première fois en décembre en Chine, dans la ville de Wuhan. A partir de ce point, les scientifiques établissent des ramifications et, lorsque de nouveaux cas apparaissent, le code génétique de ces échantillons viraux peut être comparé à ceux de la base de données pour identifier leur région d'origine. C'est important si l'on veut déterminer la manière dont la personne infectée a contracté le virus, soit localement ou dans une autre région.

Aux États-Unis, des chercheurs ont séquencé des génomes de coronavirus dans huit cas de l'État de Californie. Au moins six d'entre eux étaient génétiquement distincts les uns des autres, ce qui implique au moins six introductions indépendantes du virus via des voyages internationaux. À Seattle, les données génomiques ont permis de déterminer qu'il s'agit d'un site de transmission locale.

Proportionner les mesures

En retraçant les chemins empruntés par le Covid-19 et en permettant de savoir si les nouveaux cas concernent des personnes ayant voyagé ou si l'origine est une transmission locale, Nextstrain devrait aider les dirigeants et les organisations de santé quand elles sont amenées à prendre des décisions sur les restrictions de voyage, les fermetures d'écoles ou les quarantaines, et à mieux proportionner les mesures.

Ceci dit, l'outil d'analyse épidémiologique génomique présente quelques limites. Par exemple, il ne peut pas prédire les endroits qui vont être contaminés. L'efficacité de la technologie implique par ailleurs l'accord des scientifiques pour transmettre et séquencer les échantillons viraux et les télécharger sur des sites en libre accès.