Et si la maitrise de la pandémie se jouait dans les eaux usées ?
La question peut paraître saugrenue. Pourtant, l'excrétion fécale du SARS-CoV-2 ne fait guère de doute et il a effectivement été retrouvé dans les eaux usées aux Pays-Bas. De nombreux chercheurs considèrent qu'une surveillance de ces eaux serait un bon moyen pour estimer le nombre total d'infections dans une communauté et pour détecter les signes avant-coureurs d'un éventuel retour du coronavirus après la sortie du confinement.
Depuis les premières publications faisant état de la détection du SRAS-CoV-2 dans les fèces d'un petit pourcentage de patients atteints de COVID-19, il est devenu clair que les eaux usées humaines pourraient contenir le nouveau coronavirus.
Pléthore de laboratoires dans le monde traquent en ce moment sa présence dans les eaux usées et des chercheurs ont effectivement trouvé des traces du virus dans ces eaux-là, aux Pays-Bas, aux États-Unis et en Suède. Selon le Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM), le premier signalement viendrait des Pays-Bas. (1) (2)
Depuis le 17 février 2020, des échantillons d'eaux usées d'un volume de 10 litres par 24 heures ont été prélevés une fois par semaine, à proximité de l'aéroport Schiphol, à Amsterdam. Au cours des deux premières semaines, le virus n'a pas été détecté. Cependant, le matériel génétique du virus a été détecté par RT-PCR dans les échantillons prélevés les 2, 9 et 16 mars.
Le premier échantillon contenant le virus a été prélevé quatre jours seulement après la confirmation d'un premier cas de Covid-19 par des tests cliniques, le 27 février 2020. Le virus pourrait provenir des fèces de sujets potentiellement symptomatiques, asymptomatiques ou présymptomatiques qui auraient transité par l'aéroport.
L'ARN viral a aussi été observé dans des échantillons d'eaux usées prélevés dans la station d'épuration de Tilburg les 3, 10 et 17 mars ainsi que dans un échantillon prélevé le 18 mars dans la station d'épuration de Kaatsheuvel, une usine traitant les eaux usées de Loon op Zand, la ville où vit le premier patient COVID-19 aux Pays-Bas. La même découverte a été faite par une équipe du KWR Watercycle Research Institute, le 5 mars, dans une station d'épuration de la ville d'Amersfoort alors que la commune ne comptait pas encore de cas déclaré !
Ces découvertes ainsi que les résultats d'études ayant montré que le virus SARS-CoV-2 peut apparaître dans les matières fécales dans les trois jours suivant l'infection, soit bien avant l'apparition des premiers symptômes et donc un premier diagnostic officiel, suggèrent que l'analyse des eaux usées pourrait être utilisée comme moyen de surveiller la propagation et la pérennité du SARS-CoV-2 ainsi que comme outil d'alerte précoce en cas de retour du virus après la sortie du confinement. (3)
L'épidémiologie des bas-fonds a cours depuis des décennies pour évaluer le succès des campagnes de vaccination contre le poliovirus quand la poliomyélite faisait des ravages à l'échelon mondial et le RIVM a déjà mis à profit cette approche pour détecter la présence de norovirus, de bactéries résistantes aux antibiotiques, du poliovirus et du virus de la rougeole.
"Une identification précoce de l'arrivée du SARS-CoV-2 dans une communauté pourrait limiter les dommages sanitaires et économiques causés par le Covid-19, surtout s'il revient l'année prochaine," considère Kyle Bibby, un ingénieur américain en environnement.
Plus d'une douzaine de groupes de recherche dans le monde ont ainsi commencé à analyser les eaux usées pour le nouveau coronavirus comme un moyen d'estimer le nombre total d'infections dans une communauté. "Une station d'épuration recueille les effluents d'une communauté comptant jusqu'à un million de personnes," explique le microbiologiste néerlandais Gertjan Medema. "La surveillance de ces eaux usées à cette échelle offrirait de meilleures estimations de l'étendue du coronavirus que les tests de diagnostic, car elle prend en compte les individus non testés n'ayant que des symptômes légers, voire aucun."
Ajoutons que la présence du pathogène dans les eaux usées est aussi source d'inquiétude pour les employés travaillant dans les usines de traitement des déchets humains et des eaux usées. Les biologistes craignent que le virus présent dans les excréments puisse encore être actif, et quelques études émettent la possibilité d'une voie de contamination féco-orale. Dans le doute, l'OMS a émis des recommandations spécifiques concernant le personnel affecté au traitement des déchets humains et des eaux usées.
(références
(1) RIVM, News, 24 mars 2020,
(2) The Lancet Gastroenterology Hepatology, 1er avril 2020, doi : 10.1016/ S2468-1253(20)30087-X,
(3) Nature, 3 avril 2020, doi : 10.1038/d41586-020-00973-x)