Le séquençage du coronavirus, un outil complémentaire au tracing
Des chercheurs de l'Université de Liège et de la KULeuven ont publié des séquences génomiques du Sars-CoV-2 sur la plateforme internationale Nextstrain. Ces recherches constituent un outil complémentaire aux stratégies de tracing et permettent d'assurer une meilleure fiabilité des tests de dépistage.
Depuis le début de la pandémie de Covid-19, un nombre sans précédent de séquences génomiques du SARS-CoV-2 ont été rendues publiques.
Le séquençage à large échelle par Nextstrain permet de reconstituer à travers le monde l'arbre phylogénétique de la propagation du virus à travers le monde, et d'identifier des mutations, et donc de mieux comprendre l'expansion de la pandémie. Sur un plan local, un tel travail rend possible l'identification spécifique de clusters de contamination et offre ainsi la possibilité de cibler des groupes de personnes qui doivent être surveillés. En ce sens, le séquençage est un outil complémentaire aux stratégies de tracing.
L'équipe en génétique humaine du Pr Vincent Bours au GIGA de l'Université de Liège, en collaboration avec le département de microbiologie du CHU de Liège, a soumis deux articles à publication sur Nextstrain en se concentrant sur la Belgique, un des pays ayant la densité spatiale la plus élevée de génomes SARS-CoV-2 séquencés.
Le premier article décrit une mutation spécifique dans le gène E, observée chez un petit groupe de travailleurs de la santé en province de Liège, tous porteurs d'un virus génétiquement identique, ce qui indique une source commune d'infection.
Les chercheurs recommandent à présent de cibler au moins deux gènes pour les tests de diagnostic par PCR, au lieu de protocoles conseillant l'utilisation du ciblage du seul gène E comme test de dépistage de première ligne, et ce afin de ne pas passer à côté de possibles mutations du virus. Leurs travaux montrent également l'utilité d'effectuer régulièrement un séquençage rapide sur un sous-ensemble d'échantillons positifs, afin de suivre attentivement l'évolution des génomes viraux et d'éviter une augmentation des tests faussement négatifs.
Un deuxième article porte sur plusieurs études réalisées par Simon Dellicour, épidémiologiste à l'ULB, à partir des séquences qui ont été générées par les laboratoires de l'ULiège et de la KULeuven. Ces études montrent l'introduction de multiples virus dans le pays. Différentes mesures des différentes souches virales, prises par Dellicour, avant et après le confinement, sur la base de la date de prélèvement et des codes postaux des résidences des patients infectés, montrent clairement que ce confinement a eu l'effet escompté et qu'il a considérablement ralenti la propagation du virus en Belgique globalement et dans la province de Liège, en particulier.
En continuant à générer des données de séquences génomiques, les chercheurs pourront ainsi suivre l'effet de la levée progressive du confinement dans les semaines à venir. Cela doit donc permettre d'orienter les stratégies de surveillance du virus dans le contexte du déconfinement.
(référence : bioRxiv, 9 mai 2020, doi : 10.1101/2020.05.05.078758)