Covid-19 : CRISPR-Cas9 permettrait d'accélérer le diagnostic
Des scientifiques ont développé un test de diagnostic qui utilise la technologie CRISPR-Cas9 pour détecter le SARS-CoV-2 dans des échantillons de patients. Un test simplifié, plus rapide que la RT-qPCR.
Alors qu'Emmanuelle Charpentier et Jennifer Doudna viennent de recevoir le prix Nobel de chimie pour la mise au point des ciseaux moléculaires CRISPR-Cas9, des scientifiques ont adressé une correspondance au New England Journal of Medicine dans laquelle ils décrivent le développement d'un test simplifié basé sur cette technologie qui permet de repérer avec précision n'importe quelle séquence d'ADN ou d'ARN, et de couper le matériel génétique à l'endroit voulu.
Les auteurs commencent par rappeler que les tests de diagnostic basés sur CRISPR fournissent collectivement une plateforme naissante pour la détection des pathogènes viraux et bactériens mais qu'ils sont généralement plus complexes à mettre en oeuvre que les méthodes actuellement en service car ils requièrent une étape d'extraction d'ARN et plusieurs étapes où des liquides sont manipulés, ce qui accroît le risque de contaminer les échantillons testés.
Les scientifiques décrivent ensuite un nouveau test portant le nom de STOP SHERLOCK (specific high-sensitivity enzymatic reporter unlocking) testing in one pot (test dans un pot) qui offre l'avantage de combiner l'extraction de l'ARN viral avec une amplification isothermique et une détection d'acide nucléique médiée par CRISPR.
Les expérimentateurs ont eu recours à la technique LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) qui permet de garder une température stable tout au long de l'amplification contrairement à la PCR au cours de laquelle les températures varient à chaque étape. Ils ont appelé le test STOPCovid.v1 (STOPCovid, version 1), ce dernier étant compatible avec les lectures de flux latéral et de fluorescence.
Ensuite, pour simplifier l'extraction de l'ARN et augmenter la sensibilité, cette technique a été couplée avec un autre outil, une méthode de purification par billes magnétiques et cela a donné lieu à une nouvelle appellation : STOPCovid.v2 (STOPCovid, version 2)
Au vu des tests en laboratoires, il semblerait que cette technologie soit aussi performante que le test standard RT-qPCR : sensibilité de 93,1% et spécificité de 98,5% pour STOPCovid.v2. De plus les échantillons positifs peuvent être détectés entre 15 et 45 minutes grâce à cette méthode, soit un gain de temps considérable, sachant qu'il faut environ trois heures pour réaliser un test PCR. C'est d'autant plus avantageux que cela permet de s'affranchir des équipements d'analyse de la PCR qui sont chers et encombrants.
(référence : New England Journal of Medicine, 8 octobre 2020, doi : 10.1056/NEJMc2026172)