Covid-19 : les rongeurs seraient des porteurs asymptomatiques du virus
Certains rongeurs ancestraux ont probablement été infectés à plusieurs reprises par des coronavirus semblables au SARS-CoV-2, ce qui les a amenés à acquérir une tolérance ou une résistance à ces agents pathogènes. Selon des chercheurs américains, il est donc possible que les rongeurs modernes soient des réservoirs de virus du type SRAS, aussi nouveaux que dangereux pour les primates que nous sommes.
Le SARS-CoV-2, l'agent responsable du Covid-19, est d'origine zoonotique. Des recherches antérieures ont montré que les chauves-souris chinoises sont l'hôte de nombreux virus semblables au SARS et qu'elles tolèrent ces virus sans présenter de symptômes extrêmes. Cependant, on est bien loin d'avoir identifié tous les animaux ayant développé ce type de mécanismes de tolérance aux coronavirus.
Des analyses évolutives évaluant si des coronavirus similaires au SARS-CoV-2 ont infecté des espèces ancestrales d'hôtes animaux actuels pourraient être utiles pour identifier d'autres réservoirs de coronavirus potentiellement dangereux, susceptibles d'être transmis à l'Homme. Connaître les réservoirs possibles du virus est en effet essentiel pour la surveillance de l'épidémie.
Les chercheurs de l'Université de Princeton ont émis l'hypothèse que si un clade d'espèces a été exposé à un virus de manière répétée, ses protéines pertinentes pour l'entrée du virus peuvent présenter des adaptations qui affectent la sensibilité ou la réponse de l'hôte.
Pour les besoins de leur étude, à travers la phylogénie des mammifères, King et Singh ont effectué une analyse évolutive des récepteurs ACE2 utilisés par le SARS-CoV-2 pour pénétrer dans les cellules des mammifères. Leur intention était de découvrir des preuves de sélection agissant au niveau de l'interface de liaison de l'ACE2 avec la protéine de pointe du SARS-CoV-2.
Ils ont découvert que les primates et ou d'autres mammifères qui ne sont pas déjà connus comme hôtes du SARS présentent des séquences d'acides aminés hautement conservées au niveau des sites du récepteur ACE2 connus pour se lier aux virus du SARS. Cela les rend vulnérables aux différentes formes de coronavirus. En revanche, dans ces mêmes sites, les rongeurs se caractérisent par une plus grande diversité de séquences d'acides aminés et un taux d'évolution accéléré.
Dans l'ensemble, les résultats indiquent que les infections de type SARS n'ont pas été des moteurs de l'évolution dans l'histoire des primates, mais que certaines espèces de rongeurs ont probablement été exposées à des infections répétées de coronavirus de type SARS pendant une période d'évolution considérable.
Ces résultats suggèrent aussi que certaines espèces de rongeurs ont pu acquérir une certaine forme de tolérance ou de résistance aux infections par des coronavirus semblables à ceux du SARS, tandis que les mammifères non adaptés et les primates peuvent être plus sensibles à la maladie symptomatique. "Cela soulève la possibilité que certaines espèces de rongeurs modernes puissent être des porteurs asymptomatiques de coronavirus de type SARS, y compris ceux qui n'ont peut-être pas encore été découverts, potentiellement dangereux pour les hommes," constatent les chercheurs.
(référence : PLOS Computational Biology, 18 novembre 2021, doi : 10.1371/journal.pcbi.1009560)