Omicron "confiné" au nez et à la gorge?

Si l'on se base sur les données épidémiologiques, le variant omicron semble moins virulent que ses prédécesseurs. Des analyses de laboratoire le confirment... et l'expliquent.

16 février 2022

Plusieurs groupes de recherche ont examiné le potentiel pathogène du variant omicron dans des modèles animaux et des préparations de tissus humains. Le virologue américain Michael Diamond, auteur d'un article consacré à la question (et actuellement en attente de publication), a épinglé dans une interview accordée à la revue Nature une série de différences notoires entre omicron et les variants antérieurs. Chez des hamsters et souris infectés par omicron, son équipe a ainsi observé après quelques jours une charge virale pulmonaire au moins dix fois plus faible qu'avec d'autres variants - un phénomène qui a été confirmé par d'autres groupes de recherche.

Son interaction réduite avec TMPRSS2 est l'un des éléments qui pourraient expliquer pourquoi le variant omicron ne pénètre pas ou guère jusque dans les poumons, qui offrent un terreau peu favorable à sa réplication.

Un autre constat intéressant est que les animaux infectés par omicron ne maigrissaient pratiquement pas, alors qu'une perte de poids rapide était observée avec les autres variants.

Ces résultats obtenus chez l'animal ont pu être confirmés par des recherches in vitro sur des modèles de cellules pulmonaires humaines: là encore, la réplication virale dans le tissu pulmonaire était plus faible avec le variant omicron qu'avec le variant delta.

Endocytose

Une explication a aussi rapidement pu être avancée: en comparaison avec d'autres variants, omicron se lie moins efficacement à TMPRSS2, une protéine de surface de la cellule-hôte qui se charge de scinder la protéine spike pour lui permettre de déployer sa sous-unité S2. Ce segment S2 rapprochera ensuite les membranes de la cellule-hôte et du virus pour provoquer leur fusion, ce qui permet au génome du virus d'accéder à la cellule-hôte.

Comme omicron interagit moins efficacement avec TMPRSS2, il a tendance a utiliser préférentiellement une autre approche pour infiltrer les cellules-hôtes, à savoir l'endocytose. Le virus est alors enveloppé dans une invagination de la membrane de la cellule-hôte, qui va se refermer autour de lui pour former une vésicule qui migrera ensuite vers le milieu intracellulaire.

Cette interaction réduite avec TMPRSS2 est l'un des éléments qui pourraient expliquer pourquoi le variant omicron ne pénètre pas ou guère jusque dans les poumons, qui offrent un terreau peu favorable à sa réplication. C'est notamment l'hypothèse du virologue britannique Ravindra Gupta, coauteur de l'une des publications consacrées à l'interaction entre omicron et TMPRSS2.

Dans la foulée, cette hypothèse peut aussi expliquer au moins en partie la contagiosité élevée du variant omicron. Comme il se développe surtout au niveau du nez et de la gorge, le virus sera diffusé au départ d'une source beaucoup plus proche de l'extérieur lorsque le patient parle, crie ou tousse, ce qui produit des aérosols contenant une charge virale élevée.

Des pédiatres ajoutent à cette hypothèse une réflexion théorique: comme la cavité nasale des enfants est plus petite que celle des adultes, les infections des voies respiratoires supérieures risquent d'être plus sévères chez eux. La charge de morbidité d'omicron pourrait donc en partie migrer vers les groupes d'âge plus jeunes, même si les données actuellement disponibles ne semblent pas de nature à alimenter cette inquiétude.